El MFCJ se maneja a traves de 5 áreas, las cuales se encargan de las actividades que abarca el MFCJ; Estas areas forman una "mesa de servicio" que trabaja a nivel sector dioscesis y nacional, a su vez el MFCJ forma parte del MFC como el Area 6 Promocion Juvenil; las 5 areas son: El MFCJ y su Mistica: Es el área encargada de los temarios, dinamicas, y todo lo que se requiere para cubrir el ciclo basico de formacion. El MFCJ y la Comunidad: Es el área encargada del servicio externo del MFCJ, a nivel familiar, parroquial y comunitario, asi como de los eventos que se organizen. Justicia y Solidaridad: Es el área que administra y distribuye los recursos del grupo, tanto economicos como materiales.(Finanzas) Unidad y Corresponsabilidad: Se encarga de la cuestión administrativa del MFCJ, es decir llevar registros, actas, avisos, etc; promoviendo la unidad del grupo. Asistencia sacerdotal y profesional: Esta a cargo de el apoyo sacerdotal y/o profesional que se requiera para los temas y las dudas que surgan de estos; también se encargara de promover la espiritualidad con: oraciones, rosarios, retiros, etc. Se cuenta ademas con un coordinador que supervisara el trabajo y respondera por las áreas, y con un matrimonio asesor el cual apoyara y orientara a los jovenes con su experiencia y vivencias

Los equipos se forman con jovenes de tu edad, coordinados por un joven, el cual ha sido preparado y capacitado anteriormente para esta labor. Estos equipos se reunen en forma periodica rotando en las casas de los miembros. Se les propociona el material necesario para esto. La duración del ciclo basico es de 3 años, en los cuales avanzaras de acuerdo a un temario. El sostenimiento economico del grupo se hace mediante las aportaciones de todos.